Fino a qualche decennio fa l’origine dei laghi prealpini era attribuita all’azione glaciale, poiché essi si trovano in aree montane che sono state interessate nel Pleistocene da glaciazioni e dal punto di vista morfologico sono caratterizzati nelle loro zone meridionali da anfiteatri morenici che li separano dalla pianura.
Recenti studi condotti sui laghi a nord e a sud delle Alpi, invece, hanno stravolto questa convinzione. È stato dimostrato, dunque, che anche il lago Maggiore ha un’origine di tipo fluviale e una morfologia glaciale. In profondità, infatti, è caratterizzato da una morfologia a “V” tipica delle valli fluviali, evidente segno dello scorrere di un fiume. Il fondo roccioso si trova sepolto sotto centinaia di metri di sedimenti e giace notevolmente al di sotto del livello del mare. Questa profonda escavazione esercitata dai fiumi che scendevano dalle Alpi (nel caso del Lago Maggiore, il fiume Ticino), è da collegare alla cosiddetta “crisi di salinità” avvenuta fra 6 e 5 milioni di anni fa (Messiniano), quando il livello del mare si abbassò parecchio e interruppe il collegamento tra il Mediterraneo e l’Oceano Atlantico.
Successivamente all’incisione fluviale, nell’ultimo milione di anni, intervenne l’erosione superficiale da parte dei ghiacciai che ha modellato l’antico solco fluviale dando il classico profilo a “U” ancora oggi visibile. Attorno al Lago, infatti, si trovano le colline formate da depositi morenici di origine glaciale.
Immissario ed emissario del lago Maggiore è il fiume Ticino; a Fondotoce (VB) sfocia anche il fiume Toce. L’attuale punto di massima profondità del lago, 372 metri, si trova a Ghiffa.
Nel braccio di lago chiamato golfo Borromeo si trova l’arcipelago delle Isole Borromee, composto da tre isole (Isola Madre, Isola Bella, Isola dei Pescatori), l’Isolino di San Giovanni e lo scoglio della Malghera, situato tra l’isola Bella e quella dei Pescatori.
L’Isola Madre è la più grande: è larga 220 metri e lunga 330 metri; l’Isola Bella, invece, misura 320 metri di lunghezza e 180 di larghezza. L’Isola dei Pescatori è larga 100 metri per 350 di lunghezza.